Natalie Mukherjee erhielt ihre Ausbildung an der Folkwang Hochschule in Bochum. Nach Gastengagements am Schauspielhaus Bochum ging sie fest an das Theater Heidelberg. Dort arbeitete sie mit zahlreichen Regisseuren zusammen und war Mitglied der dort gegründeten "Happy End Band". Mittlerweile lebt sie freischaffend in Berlin. Ihre Engagements führten sie unter anderem an das Theater Heidelberg, in die Sophiensaele Berlin, das Theater Bremen und an das Theater Bielefeld. Außerdem ist sie als Sängerin und Sprecherin tätig.
2018 verlieh ihr der Förderverein der Vagantenbühne den erstmalig ausgelobten Förderpreis der vaganten.freunde e.V. Sie spielt derzeit in den Produktionen DIE OPFERUNG DES GORGE MASTROMAS, FLIEGENDE EIER VON SARAJEVO und MICHAEL KOHLHAAS. Ab Februar 2022 wird sie auch in WHITE PASSING zu sehen sein.